pennyは１セントの意味があり、親しい者同士で、会話中などに相手が黙ってしまったとき、「何考えているんですか？」What are you thinking?という時に深刻な、真剣な、優しさのある、非難するような調子の出ないもの、ややユーモラスなものが欲しいときに

　A penny for your thoughts.
「考えていることに１ペニー」

と言います。

上のＮＹタイムズの記事は、stay-at-homeで、貯金箱などに貯まったコインを両替しにいく人が減ったため、世間では硬貨不足になっていることを、イディオムに掛けてリポートしています。

なお、相手の答えが、

　Oh, nothing.（いや、何でもない）
　Oh, I was spaced out.（いや、ボーッとしていて）

という場合も含めて、コインを上げる必要はありせん。